Jak każdy popularny program Open Source, eMule ma wiele odmian (przeróbek), tzw. modów. Część modów na początku były modami kodu aMule’a (tzw. forki kodu aMule’a), a dopiero później deweloperzy sprawili, że mody stały się niezależne od oficjalnych wersji.

Popularnym modem tego typu jest eMule Plus. Nie ma on zaimplementowanej obsługi protokołu KAD, ale zaletami programu jest lepszy interfejs graficzny (GUI) i zdolność do osiągania lepszych prędkości przy ściąganiu w porównaniu do oficjalnej wersji programu.

Inne mody bazujące na oficjalnym eMule’u są tworzone na podstawie nowych wersji oryginalnego klienta. Często funkcje, które początkowy były tylko w modach, później trafiały do oficjalnych wersji.

Bardzo rozbudowanym modem jest MorphXT (najnowsza wersja to 10.0). Pozwala on na modyfikację zaawansowanych ustawień, niedostępnych w zwykłej wersji. Posiada on też moduł WebCache, który może usprawnić ściąganie pliku za pomocą serwera proxy (kilka takich serwerów znajduje się w Polsce).